上海市伊斯兰教协会成立于1962年8月21日，会址设在黄浦区西仓桥街117号。“文化大革命”期间停止活动。1979年6月，上海市伊斯兰教协会恢复活动。主要工作是：贯彻宗教信仰自由政策，团结联系穆斯林群众，组织教长、阿訇、学者研究伊斯兰教教义，办好教务，指导清真寺的教务活动。办好伊斯兰经学班，培养宗教事业接班人；落实宗教政策；收集、整理上海伊斯兰教文史资料，出版《上海穆斯林》期刊，做好宣传工作；开展国际穆斯林之间的友好交往；协助政府有关部门妥善处理宗教事务，维护社会安定团结；努力解决宗教自养问题等。