上海医药行业协会成立于1987年1月5日，是中国医药行业最早成立的地方性医药行业协会之一，是上海民政局首批通过的5A级社会组织。协会现有会员企业超300家，覆盖医药工业药品研发、生物医药、制药机械、药品辅料包材、药品流通等医药全产业链及大健康产业，会员企业医药工业产值占上海市医药工业产值比例超过90%。

协会坚持以服务企业、规范行业、发展产业为宗旨倾力打造政企沟通交流平台，推进行业企业品牌指数研究和发布，推动行业生产、质量、安全管理等团体标准体系建设倡导行业绿色工厂和智能制造，强化行业高技能人才的培养，深化产学研医用学术交流平台，落实行业诚信体系构建，连续11年发布上海医药行业社会责任报告。同时，根据国家长三角一体化发展的战略部署和区域内产业一体化发展的内在需要，积极推动长三角医药产业协同发展和战略合作，助推区域医药产业高质量健康发展。